L’équipe «Milieux Marins » se compose de spécialistes en biologie et écologie marines avec une approche scientifique appliquée à la gestion et la conservation de la biodiversité marine. Ses missions comprennent la définition d’un état de qualité par composante écologique (espèces, habitats, écosystèmes), ainsi que la surveillance et l’évaluation de leur état, à travers le développement d’indicateurs, de protocoles de suivi et de méthodes d’évaluation. Elle veille également à la cohérence écologique des réseaux d’AMP (Aires marines protégées - notamment Natura 2000), et soutient l’évaluation des risques engendrés par certaines activités humaines en insistant sur le lien entre « pression », « impact » et « état ».

L’équipe exerce ces responsabilités notamment dans la mise en œuvre des Directives Européennes (DCSMM, DHFF) et des Conventions de Mers Régionales (OSPAR, Barcelone), en fournissant un appui scientifique dans ces cadres d’action à l’Office français de la biodiversité (OFB), au ministère de la Transition écologique, et aux services déconcentrés de l’Etat (DREAL, DRIEE, DIRM, etc.). Elle soutient une cohérence « inter-Directives » (Directive cadre sur l’eau, directive cadre stratégie pour le milieu marin, Directive oiseaux, directive habitats faune flore, directive cadre planification de l’espace marin) afin d’assurer une cohésion scientifique dans la surveillance, l’évaluation et la gestion de la biodiversité marine.

L’équipe « Milieux Marins » travaille en étroite collaboration avec des experts marins répartis sur les façades françaises métropolitaines, principalement à travers le Réseau des Stations et Observatoires Marins (RESOMAR). Elle maintient également des liens forts avec des agents ayant des missions marines au sein des équipes « Connaissance Espèces », « Écosystèmes et Réseaux » et « Évaluation et Suivi » de l’UMS PatriNat. Elle se coordonne avec le service Écosystèmes et usages du milieu marin de l’Office français de la biodiversité.