L’IQE repose sur une expertise de terrain : il doit donc être mis en œuvre par des naturalistes expérimentés et ayant suivi une formation préalable, dispensée par PatriNat. Cette dernière permet notamment de disposer des outils adéquats et de bien cerner les limites d’application et d’interprétation. Toutes les informations sur la méthode sont disponibles sur le site dédié : https://iqe-patrinat.mnhn.fr​

D’autre part, une plateforme de calcul en ligne de l’IQE/IPE a été développée par l'unité MOSAIC (MNHN/ Sorbonne Université) sous l’égide de PatriNat, dans le but de faciliter le travail des utilisateurs, de garantir une utilisation homogène des indices, et mettre en commun les données issues de ces études, pour alimenter les réflexions méthodologiques et encourager la diffusion des données d’occurrence d’espèces et d’habitats vers le SINP.​ Elle est accessible à l’adresse suivante : https://iqe-ipe.mnhn.fr

Par ailleurs, une communauté de pratique des utilisateurs de l’IQE et de l’IPE est née de la volonté de mettre en commun les connaissances et outils permettant l’application de ces indices. Cette communauté a pour vocation de promouvoir les échanges et le partage de retours d’expérience suite à la mise en œuvre de ces outils. Elle regroupe, lors d’une réunion annuelle, à la fois les praticiens de terrain qui appliquent ces indices (bureaux d’études, associations naturalistes, etc.) et les services environnement des commanditaires, qui utilisent ces indices en tant qu’outil de caractérisation et de suivi de leur foncier.​